Киев
Родился 21 февраля 1964 года в Киеве. В 1986 году окончил филологический факультет Киевского университета имени Шевченко и в тот же год уехал в Ленинград — в аспирантуру Института русской литературы Академии наук, того самого Пушкинского Дома.
Попал он в отдел древнерусской литературы, которым руководил Дмитрий Лихачёв. Тема была далека от современной прозы: византийские хроники и их русские переводы. В 1990 году Водолазкин защитил кандидатскую о переводе «Хроники Георгия Амартола».